Ta se je peljal po lokalni cesti v naselju Prvačina iz regionalne ceste proti prehodu čez železniško progo, ki je označen z Andrejevim križem, a se pred prečkanjem tirov ni ustavil in zapeljal na progo ravno v času, ko se je z njegove leve strani - iz Volčje Drage približeval vlak. Da bi 39–letni strojevodja, ki je vozil iz Nove Gorice proti Sežani, preprečil trčenje je sprožil zasilno zavoro, vendar je kljub temu s prednjim desnim delom lokomotive trčil v prednji levi del avtomobila, ki ga je odbilo približno tri metre nazaj, vlak pa se je zaustavil dobrih 75 metrov po trčenju, v katerem ni bil nihče poškodovan, materialna škoda pa je nastala tudi na lokomotivi.

Vlak je sicer vozil s predpisano hitrostjo, ki je na tem odseku omejena na 40 km/h. 22-letni voznik, ki je povzročil nesrečo, je napihal 0,26 miligrama alkohola v litru izdihanega zraka. Prometni policisti so mu izdali plačilni nalog zaradi neupoštevanja prednosti v prometu in vožnje pod vplivom alkohola.